Zakon Świętej Klary (Ordo Sancte Clarae ORC) zwany potocznie klaryskami, czyli klauzurowe zgromadzenie zakonne II Zakonu Franciszkańskiego, powołany został w 1211 roku, przez św. Franciszka i św. Klarę z Asyżu. Dewiza zgromadzenia brzmi: Pax et Bonum - Pokój i dobro.

Do Polski przybyły dzięki staraniom bł. Salomei córki Leszka Białego i żony Kolomana - króla Węgierskiego. Bł. Salomea po owdowieniu (32 lat) wróciła do Polski i zamieszkała u brata, króla Bolesława Wstydliwego. Znając działalność Zakonu Świętej Klary sprowadziła tę wspólnotę i założyła fundację w Zawichoście (1245-1264), a następnie w Skale. Fundację ustanowiono w Krakowie w 1316 r., która funkcjonuje nadal. Z Zawichostu również siostry rozpoczęły swoją działalność w Starym Sączu (1280 r.) za przyczyną św. Kingi, żony Bolesława Wstydliwego. Fundacja w Starym Sączu przetrwała do dnia dzisiejszego (z małą przerwa w latach 1782-1811). Siostry ze Starego Sącza dały początek klaryskom w Zamościu, przybywając do naszego miasta w 1676 roku.

Założenie domu zakonnego w Zamościa było możliwe dzięki działającej świeckiej wspólnocie franciszkańskiej należącej do III reguły św. Franciszka (tercjarki). Tercjarki zajmowały się kościołem franciszkanów, prowadziły dzieła charytatywne i opiekuńcze oraz ożywioną działalność gospodarczą. Posiadały wspólnotowy dom (spłonął w 1672 r.), później również kaplicę w narożniku kamienicy przy ul. Staszica.

Jan "Sobiepan" Zamoyski przed swoją śmiercią (1665 r.), ceniąc ich pracowitość i zaangażowanie zapisał "pannom" 1000 zł., pobliską wieś Panieńskie, następnie Jatutów i możliwość dzierżawy 11 hektarów ziemi. Tak uposażone siostry tercjarki mogły myśleć o założeniu wspólnoty w pełni zakonnej.

Początek działalności klarysek w Zamościu datuje się na rok 1676, kiedy to przybyła ze Starego Sącza siostra Katarzyna Zielińska i zorganizowała tutaj II Zakon Franciszka czyli Zakon Świętej Klary. Ze wspólnoty tercjarskiej śluby zakonne złożyło "siedem panien wspólnego życia". Początkowa wspólnota zajmowała dotychczasowe lokum, a w 1680 roku na potrzeby zakonu dokupiła kilka domów drewnianych w południowej części miasta.

Wspólnota rozwijała się prężnie. Konieczna stała się budowa własnego kościoła klasztornego. Z pomocą w 1696 r. przyszła Anna Franciszka z Gnińskich Zamoyska, która ufundowała kościół pod wezwaniem św. Anny (w innych źródłach pod wezwaniem Najświętszej Trójcy), wg projektu Jana Michała Linka. Niestety nie zachowały się inwentarze z uposażenia kościoła oprócz informacji o darowaniu 5 obrazów przez Krystynę Fijałkowską.

Anna z Gnińskich Zamoyska, od 1675 roku żona Marcina IV ordynata, który po długich sporach i walkach rodzinnych ordynację przejął w 1676 roku, oprócz fundacji kościoła św. Anny w Zamościu, fundowała wspólnie z matką wieżę trynitarską w Lublinie, organy kolegiackie, sprowadziła bazylianów do cerkwi św. Mikołaja. Po wcześnie zmarłym mężu sama zarządzała ordynacją budząc powszechny szacunek i uznanie.

Powstanie obiektu klasztornego Zakonu Świętej Klary w Zamościu zawdzięczamy IX ordynatowi Janowi Jakubowi Zamoyskiemu, który w 1757 ufundował przestronny, piętrowy klasztor wg projektu Jerzego de Kawe. Budowę zakończono w 1775 roku. Niestety siostry krótko użytkowały swoje obiekty, zmuszone przez władze austriackie do opuszczenia Zamościa w 1782 roku, po 106 latach swojego pobytu. Część z nich przybrała strój świecki, część udała się do innych wspólnot.

Siostry zakonnice zamieszkały w skrzydle przykościelnym (12 cel). W skrzydle wschodnim, na piętrze, znajdowało się 13 rezydencji, na parterze, w skrzydle południowym - pomieszczenia gospodarcze. Wschodnie i północne pomieszczenia przeznaczone były do działalności klauzurowej.

Klaryski zamojskie zajmowały się prowadzeniem nowicjatu i kształceniem dziewcząt szlacheckich. W klasztorze osiadały też rezydentki, najczęściej wdowy, osoby o lekkim upośledzeniu, panny uciekające spod woli rodziców. Klasztor należał do ubogich, co zmuszało siostry do odstępowania od zakonnych reguł chociażby poprzez zamieszkania w muzach klasztornych osób będących poza klauzulą.

Niestety klasztor wkrótce tak jak i inne obiekty sakralne Zamościa został zlikwidowany. 3 lutego 1782 r. Austriacy zamknęli klasztor. Przez krótki okres był on w użytkowaniu franciszkanów (1784-1791), po nich, do 1812 r. siostry miłosierdzia prowadziły tutaj szpital (sprowadzone ze Lwowa w miejsce bonifratrów po kasacie w 1784 r.). W 1817 roku zespół klasztorny przejęło wojsko na potrzeby: składu zboża, kuchni, koszar, piekarni i lazaretu. W latach 1918 - 1944 użytkowała go policja, a następnie były w nim koszary armii radzieckiej. Od 1947 roku w budynku funkcjonował dom sierot, a w latach 1949 - 1984 Państwowy Dom Dziecka.

Od końca XIX wieku i na początku XX wieku mieścił się na I piętrze dawnego kościoła klub miejski z salą widowiskową. Na parterze działała, utworzona w 1927 roku, Powiatowa Kasa Oszczędnościowa, natomiast w czasie wojny - Powiatowy Komitet Rady Głównej Opiekuńczej.

Wielu użytkowników i brak remontów na przestrzeni lat powodował, że zespół poklasztorny uległ straszliwej dewastacji, groził wręcz katastrofą budowlaną.

Dzisiaj odnowiony obiekt należy do Państwowej Szkoły Muzycznej I i II im. Karola Szymanowskiego. Zakon Świętej Klary, po 213 latach, ponownie powrócił ze Starego Sącza, tym razem jednak nie do Zamościa, ale do pobliskiego Sitańca.