Zbiory sztuki sakralnej należą do najstarszych kolekcji, tworzonych wraz z powstaniem w Zamościu instytucji muzealnej w 1926 r. Pozyskiwane były głównie dzięki darom osób zainteresowanych rozwojem tej regionalnej placówki badawczej oraz poprzez badania terenowe pracowników muzeum, prowadzone w różnych okresach jego funkcjonowania. Wśród tych zbiorów odrębną pozycję zajmuje rzeźba sakralna, znajdująca się w dwóch działach Muzeum: rzeźby artystycznej i etnografii.

Eksponaty z zakresu rzeźby sakralnej zaczęły napływać do Muzeum w drugim okresie jego działalności, po reaktywowaniu placówki pod auspicjami Polskiego Towarzystwa Krajoznawczego w 1936 r. Powołana wówczas sekcja muzealna przy zamojskim Oddziale PTK rozpoczęła ożywioną działalność w zakresie gromadzenia zbiorów, ukierunkowaną zwłaszcza na poszukiwania terenowe. Pozyskano wówczas szereg cennych eksponatów z zakresu sztuki sakralnej, w tym zabytkowe rzeźby drewniane i obrazy. Zbiory sztuki sakralnej wzbogaciły wówczas rzeźby z kościołów w Szczebrzeszynie, podarowane do kolekcji przez miejscowych księży, ks. kan. Józefa Ciesielskiego i ks. Franciszka Kapalskiego. Wybuch II wojny światowej zahamował dynamiczny rozwój Muzeum. Funkcjonowało ono jednak podczas okupacji, przyczyniając się do uratowania m.in. zbiorów po zlikwidowanych gimnazjach zamojskich, wśród których znajdowały się drobne przedmioty z zakresu rzeźby religijnej, głównie małe krucyfiksy i figury ludowych świątków.

Po zakończeniu działań wojennych w marcu 1945 r. wznowiła swoją działalność Sekcja do Spraw Muzealno - Zabytkowych przy Prezydium Miejskiej Rady Narodowej. W wyniku jej działalności 2 maja 1945 r. nastąpiło otwarcie Muzeum dla zwiedzających. Ważnym zadaniem, które stanęło wówczas przed Muzeum, było przejmowanie i gromadzenie wszelkich przedmiotów o wartościach historycznych i artystycznych, pochodzących z rozparcelowanych w wyniku reformy rolnej majątków oraz opuszczonych obiektów kultowych.

Zabezpieczono przedmioty sztuki religijnej z opuszczonych cerkwi w Siedliskach i Szczebrzeszynie. Do Muzeum przekazano także wycofane z kultu rzeźby i obrazy z byłej kaplicy unickiej na Majdanie (11 obiektów), po dwie figury z kościołów w Puszczy Solskiej (obecnie kościół p.w. św. Marii Magdaleny w Biłgoraju) i Skierbieszowa, kilka przedmiotów z kościoła w Krasnobrodzie, oraz przeszło 20 obiektów z zakresu malarstwa, rzeźby i rzemiosła artystycznego z kościoła w Łabuniach (w tym obiekty pochodzące z dawnego kościoła i klasztoru o.o. bernardynów w Radecznicy).

W 1950 r. do Muzeum trafiły rzeźby ołtarzowe z kościoła w Józefowie w powiecie biłgorajskim. Sporo zabytkowych rzeźb, głównie o charakterze ludowym, zgromadzili pracownicy Muzeum, przede wszystkim Teresa Szałowska, podczas prac terenowych prowadzonych w latach 50. Były to ostatnie pozyskania w zakresie rzeźby sakralnej. Wynikało to z nasilających się represji władz komunistycznych w stosunku do Kościoła katolickiego i obaw ze strony duchowieństwa co do dalszych losów przekazanych zabytków. Ówczesny Biskup Lubelski, ks. Stefan Wyszyński (1946-48) zobowiązał wszystkich księży do uporządkowania i zabezpieczenia wszystkich ruchomych przedmiotów zabytkowych wycofanych z kultu do czasu dalszych decyzji władzy diecezjalnej. Wycofane z kultu zabytkowe przedmioty i dzieła sztuki gromadzone były w lamusach, na plebaniach i strychach kościelnych, do czasu powołania przez bpa Bolesława Pylaka dekretem z dnia 26 sierpnia 1975 r. Muzeum Diecezjalnego w Lublinie, które zajęło się gromadzeniem i zabezpieczaniem dzieł sztuki religijnej na obszarze diecezji, w której granicach administracyjnych działało także Muzeum Zamojskie.

Obecnie, po zmianie struktur administracyjnych Kościoła w Polsce i utworzeniu w 1992 r. diecezji zamojsko - lubaczowskiej, funkcję gromadzenia dziedzictwa religijnego na tym obszarze przejęło utworzone 12 października 1995 r. dekretem Biskupa Diecezjalnego Jana Śrutwy Muzeum Diecezjalne w Zamościu, z którym Muzeum Zamojskie ściśle współpracuje w zakresie przedsięwzięć naukowo - badawczych i ekspozycyjnych.

Zbiory rzeźby sakralnej Muzeum Zamojskiego są bardzo różnorodne. Wynika to z samego sposobu ich gromadzenia, który był bardzo często przypadkowy. Pomimo tego, w kolekcji muzealnej znajduje się szereg cennych ze względów historycznych i artystycznych przedmiotów. Wśród nich wyróżniają się monumentalne, polichromowane rzeźby ołtarzowe apostołów Piotra i Pawła (?) z Łabuń. Sposób opracowania szat i kompozycja pozwalają datować te figury na 2 połowę XVII w. Analogiczny sposób opracowania materiału rzeźbiarskiego, zwłaszcza rysów twarzy, zdradza figura Boga Ojca z kościoła w Szczebrzeszynie, pochodząca prawdopodobnie z tego samego warsztatu. Skąpe i bardzo szczątkowe informacje na temat warsztatów rzeźbiarskich działających w Zamościu w 2 połowie XVII w. nie pozwalają na bliższe jego określenie.

Z innym warsztatem rzeźbiarskim należy związać dwie złocone figury aniołów, pochodzące również z kościoła w Szczebrzeszynie. Charakterystyczny modelunek szat, sposób opracowania fryzury z charakterystycznym lokiem wskazują na powstanie rzeźb w XVII stuleciu. Należy zwrócić także uwagę na dwie inne rzeźby z tego kościoła, charakteryzujące się podobnym modelunkiem rzeźbiarskim. Są to figury Chrystusa i Maryi Assunty, prawdopodobnie zdobiące pierwotnie ołtarz p.w. Wniebowzięcia NMP. W 1 połowie XVII w. ołtarz taki znajdował się w kościele św. Mikołaja w Szczebrzeszynie. Rzeźby te należą do najstarszych w kolekcji Muzeum Zamojskiego.

Do najciekawszych zabytków z XVIII w. należy feretron z płaskorzeźbioną sceną dysputy teologicznej, ukazanej we wnętrzu biblioteki klasztornej. Scena przedstawia zakonników - dominikanina św. Tomasza z Akwinu i franciszkanina, przypuszczalnie Jana Dunsa Szkota, autora teologicznych podstaw nauki o Niepokalanym Poczęciu NMP. Trwająca od XIV w. polemika pomiędzy tymi zakonami, dotycząca tezy o wolności Maryi od grzechu pierworodnego pozwala przypuszczać, że ukazana scena stanowi ilustrację dysputy na ten właśnie temat. Płaskorzeźba ta zdradza dłuto dobrego rzeźbiarza i należy do najwartościowszych pod względem artystycznym i ikonograficznym eksponatów w zbiorach muzealnych.

Wśród rzeźb pochodzących z XVIII wieku przeważają fragmenty ołtarzowych ozdób snycerskich, zwłaszcza popularne w okresie baroku putta w różnych ujęciach - wzlatujące, klęczące na architektonicznych gzymsach, siedzące i stojące. Pochodzą one z ołtarzy z kościołów w Szczebrzeszynie, Skierbieszowie, oraz z nieistniejącej kaplicy unickiej na Majdanie.

Wśród dużych rzeźb figuralnych wyróżniają się pozbawione polichromii, pociemniałe i miejscami nadpalone figury z ołtarza w kościele w Józefowie. Są to starotestamentowe postaci pochodzące z ołtarza p.w. Proroka Samuela, ufundowanego przez ekonoma ordynacji zamojskiej, Samuela Wierzbowskiego na początku 2 ćwierci XVIII w. Są to wytwory miejscowego warsztatu, utrzymane jeszcze w manierze poprzedniego stulecia.

Na uwagę zasługują także figury ołtarzowe zakonników, zwłaszcza pochodząca z ok. 1746 r. naturalnej wielkości figura św. Bernardyna ze Sieny z ołtarza głównego w kościele bernardynów w Radecznicy, dłuta nieznanego dotąd rzeźbiarza, Jerzego Markwarta.

Znacznie słabszy poziom prezentują niewielkie figury zakonników dominikańskich z kaplicy unickiej na Majdanie, przeniesione tam zapewne z któregoś z kościołów dominikańskich (w najbliższej okolicy dominikanie posiadali klasztory w Horodle, Hrubieszowie i Krasnobrodzie). Podczas prowadzonych w 2007 r. prac poddano gruntownej konserwacji figurę św. Antoniego, pochodzącą z kościoła pofranciszkańskiego w Szczebrzeszynie. Po zdjęciu licznych przemalowań odsłonięto i zabezpieczono figurę świętego z 1 połowy XVIII w., ze śladami złoceń, wykazującą analogie z pochodzącą również ze Szczebrzeszyna figurą św. Antoniego, przypisywaną wzmiankowanemu już działającemu w Radecznicy Jerzemu Markwartowi.

Rzeźbę rokokową reprezentują pojedyncze i fragmentarycznie zachowane figury. Można łączyć je z obecnymi na terenie Zamojszczyzny warsztatami rzeźbiarskimi, będącymi pod wpływem lwowskiej rzeźby rokokowej. Na uwagę zasługuje częściowo uszkodzona siedząca postać św. Hieronima z kaplicy unickiej na Majdanie, figura proroka (Zachariasza ?) z kolegiaty zamojskiej i figura św. Antoniego z Dzieciątkiem, pochodząca prawdopodobnie z kościoła w Józefowie. W nurt rzeźby rokokowej wpisuje się także mocno zniszczona wskutek eksponowania na zewnątrz figura Niepokalanego Poczęcia z kościoła w Szczebrzeszynie.

Grupę rzeźb o charakterze barokowo - ludowym reprezentuje figura św. Floriana, pochodząca z kaplicy unickiej w Majdanie, datowana na przełom XVIII/XIX stulecia, o ciężkiej formie i zachwianych proporcjach.

W zbiorach muzealnych znajduje się też kilka interesujących krucyfiksów ołtarzowych, pochodzących głównie z XVIII i XIX w., a także krzyże umieszczane w kruchtach kościołów, o charakterystycznie uszkodzonych stopach Chrystusa (od uczczenia Zbawiciela poprzez ucałowanie stóp i kolan). Krucyfiksy te charakteryzuje duża różnorodność - od prostych ludowych pasyjek po wyobrażenia wykonane profesjonalnie, w dobrych warsztatach rzeźbiarskich.

Zbiory rzeźby sakralnej Muzeum Zamojskiego w całości poddane zostały konserwacji. Dużą część zbiorów sztuki sakralnej, w tym rzeźby, zakonserwowano w latach 1975-1988, dzięki współpracy z ASP w Warszawie i Wydziałem Sztuk Pięknych UMK w Toruniu. Pozostała część zbioru (20 jednostek inwentarzowych) została poddana konserwacji w 2007 r., w ramach Programu Operacyjnego MKiDN. W wyniku tych prac zabezpieczono najbardziej zniszczone przedmioty, jak płaskorzeźbiony feretron ze sceną dysputy teologicznej, figurę św. Antoniego, oraz zniszczone i zdekompletowane krucyfiksy i inne drobne rzeźby ołtarzowe. Efekty prac konserwatorskich prezentowane są na wystawie w Muzeum Zamojskim.